วิทยาศาสตร์เบื้องหลังระบบ FCU ใช้หลักการพื้นฐานของฟิสิกส์ โดยเฉพาะกฎของอุณหพลศาสตร์ ซึ่งควบคุมกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับการถ่ายเทความร้อน เช่น การนำและการพาความร้อน การดูดซับความร้อนเกิดขึ้นผ่านขดลวดเมื่อสารทำความเย็นระเหยเพื่อให้เย็นลงระหว่างโหมดทำความเย็น
เกี่ยวกับผลกระทบในทางปฏิบัติ ระบบ FCU มีการเคลื่อนตัวของอากาศและสารทำความเย็น ในโหมดทำความเย็น อากาศที่อุ่นกว่าจากพื้นที่นี้จะถูกเป่าไปเหนือขดลวด ดังนั้นสารทำความเย็นจึงดึงความร้อนออกจากอากาศและระบายความร้อนออกไป
จากนั้นอากาศเย็นนี้จะถูกหมุนเวียนกลับเข้าไปในห้อง ทำให้อากาศเย็นลงอย่างมีประสิทธิภาพ อย่างไรก็ตาม ในโหมดทำความร้อน จะใช้กระบวนการย้อนกลับ ความร้อนจะถูกกำจัดออกจากสารทำความเย็นผ่านขดลวดและถ่ายโอนไปยังอากาศ เพื่อให้ความร้อนก่อนที่จะระบายกลับเข้าไปในห้อง